Le conseil pédagogique, composé des responsables de cycles et des coordonnateurs de toutes les disciplines, a pour mission d’accompagner au mieux les enseignants, il garantit la progression entre les différentes classes, les différentes disciplines et les différents cycles.
Il homogénéise l’approche méthodologique et favorise l’analyse de l'erreur, élément clé de la politique de l’encouragement adoptée par la SFFJ.

Le conseil pédagogique établit en début d'année un plan d'actions en harmonie avec la politique de la SFFJ. Il répond aux besoins des profs, il gère leurs difficultés afin qu’ils soient capables d’accompagner au mieux les apprenants. Les formations qu’il propose sont en lien direct avec les défis et les enjeux du monde.

Il contribue à professionnaliser les enseignants de son équipe et de son cycle. Il encadre les professeurs novices.

Il assure l’homogénéité des apprentissages transversaux d’une façon horizontale et verticale.

Il relève les besoins propres à sa discipline ou à son cycle: de l’ordre de la formation des professeurs, du changement de manuel, des problèmes rencontrés, etc.

Il propose d’apporter des nouveautés au niveau de la méthode ou du contenu de l’apprentissage ou même des projets interdisciplinaires